最佳项目
医学与外科学士（MBChB）
健康科学学院的旗舰项目，是东非最受尊崇的医学学位之一，与穆拉戈国家转诊医院紧密相连。
公共卫生硕士（公共卫生学院）
区域领先的MPH，所在学院因艾滋病、结核病与流行病学研究及为全非洲培养卫生领导者而享誉全球。
传染病研究所（IDI）研究与培训
附属的卓越中心（成立于2002年），支撑乌干达艾滋病治疗工作的相当大份额，每年为约1,500名非洲卫生工作者提供培训。
农业与环境科学
服务于乌干达农业经济的长期强项——作物与动物科学、农业商业及粮食安全研究，具有强烈的区域相关性。
社会科学与人文
历史悠久的核心板块，培养了马凯雷雷许多最著名的作家、政治学者与泛非知识分子。
马凯雷雷社会研究所（MISR）
享有盛誉的跨学科研究所，设有推进非洲社会与政治思想的博士项目。
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